Questa seconda versione, chiamata DX (a colori), differiva dall'originale per la presenza di un dungeon aggiuntivo basato sui colori (assenti nella prima versione).
La trama vede Link naufragare (molto probabilmente dopo le vicende di A Link to the Past, anche se ci sono dei dubbi, vista la figura di Link più giovane) in un'isola tropicale, chiamata Koholint. Marin, una ragazza dell'isola, trova Link sulla spiaggia, e lo porta a casa sua, luogo dove il protagonista si risveglia. Link apprende che, per poter tornare in patria, a Hyrule, deve prima svegliare il Wind Fish, un essere dorminente rinchiuso in un gigantesco uovo in cima alla montagna Tamaranch. Per svegliarlo, Link deve impossessarsi di 8 strumenti musicali, i Sirens' Instruments (Strumenti delle Sirene) e suonarli di fronte all'uovo. Tutti gli strumenti sono custoditi da vari boss, che si definiscono gli Incubi (Nightmares) del Wind Fish. Così Link, aiutato da Marin, da un gufo saggio e da tanti altri personaggi, dovrà scoprire i misteri che si celano nell'isola Koholint e sconfiggere Nightmare.
